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农业污染源是农业生产过程中对环境造成有害影响的农田和各种农业措施，包括农药、化肥的施用、土壤流失和农业废弃物等。
农业污染源，例如，化肥和农药的不合理使用，造成土壤污染，破坏土壤结构和土壤生态系统，进而破坏自然界的生态平衡；降水形成的径流和渗流将土壤中的氮、磷、农药以及牧场、养殖场、农副产品加工厂的有机废物带入水体，使水质恶化，造成水体富养化等。在畜牧业规模养殖迅速崛起的同时，牲畜粪便造成的农业污染也呈现出加重的趋势。许多大中型畜禽养殖场缺乏处理能力，将粪便倒入河流或随意堆放。这些粪便进入水体或渗入浅层地下水后，大量消耗氧气，使水中的其它微生物无法存活，从而产生严重的污染。